Dalam bulan Ogos 1948, Moshe Dayan dilantik menjadi panglima di medan pertempuran Baitul Maqdis. Dalam tahun1949, Moshe Dayan menyertai rundingan perdamaian dengan wakil-wakil Jordan di Pulau Rhodes. Moshe Dayan bersama-sama Shimon Peres amat disukai oleh Ben Gurion dan menjadi anak didik (protégé) Ben Gurion

Ketangkasan ketenteraan Moshe Dayan membolehkan beliau naik menjadi Pengarah Operasi di Markas Pusat Tentera Israel dalam tahun 1952. Dalam tahun 1953, Moshe Dayan dilantik menjadi Ketua Turus Angkatan Bersenajata Israel. Semasa Krisis Suez dalam tahun 1956, Moshe Dayan mengepalai sendiri angkatan bersenjata Israel mengalahkan pasukan tentera Mesir, Syria dan Jordan. Pasukan tentera Israel berjaya menakluk Semenanjung Sinai. (Mesir, Jordan dan Syria mempunyai pakatan dengan matlamat muktamad membawa kepada kemusnahan negara Israel).